Володимир Миколаєнко був викрадений російськими військовими 18 квітня 2022 року. Спочатку він залишався в межах Херсона, про що свідчили пропагандистські відео з його участю. В одному з них ексмер заявив, що Роман Шухевич був героєм України, незважаючи на намагання пропаганди спотворити факти.
Згодом Миколаєнка вивезли до Криму, і до кінця листопада 2022 року про його подальшу долю не було відомостей.
Пізніше представники Міжнародного комітету Червоного Хреста підтвердили, що він перебуває в російському полоні. У травні 2025 року стало відомо, що колишній мер відмовився від обміну на користь тяжкохворого полоненого ще в 2022 році, після чого його більше не враховували в списках на обмін.
24 серпня 2025 року Володимир Миколаєнко був звільнений з російського полону.